Thông tư gồm 3 Chương, 12 điều quy định về nguyên tắc chung, tiêu chí phân loại, điều kiện thành lập, sáp nhập, hợp nhất, giải thể các tổ chức khoa học và công nghệ công lập. 

Thông tư áp dụng đối với các tổ chức khoa học và công nghệ công lập thuộc phạm vi quản lý của bộ, cơ quan ngang bộ; tổ chức khoa học và công nghệ công lập trực thuộc cơ quan thuộc Chính phủ (bao gồm cả đơn vị sự nghiệp công lập ở nước ngoài); tổ chức khoa học và công nghệ công lập trực thuộc tổ chức không phải là đơn vị sự nghiệp công lập do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ thành lập; Tổ chức khoa học và công nghệ công lập thuộc phạm vi quản lý của Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Tổ chức khoa học và công nghệ công lập trực thuộc Ủy ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; tổ chức khoa học và công nghệ công lập trực thuộc tổ chức khoa học và công nghệ từ điểm a đến điểm đ khoản này.

Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, người đứng dầu cơ quan do Chính phủ,  Thủ tướng Chính phủ thành lập, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và cơ quan, tổ chức liên quan chịu trách nhiệm thi hành Thông tư này.

Trong quá trình thực hiện có khó khăn, vướng mắc, các cơ quan, đơn vị phản ánh bằng văn bản về Bộ Khoa học và Công nghệ để được hướng dẫn xử lý hoặc nghiên cứu sửa đổi, bổ sung cho phù hợp.