Ngoài các nguyên tắc điều hành chung, các vấn đề thực hiện cụ thể có ý nghĩa quan trọng để đảm bảo thực hiện thành công PPP. Chúng bao gồm hình thức thoả thuận, thực hành chia sẻ rủi ro và chi phí, quản lý quyền sở hữu trí tuệ, chiến lược thoái lui và điều chỉnh, sự tham gia của các doanh nghiệp nhỏ và nông dân. Một vấn đề được cho là có ý nghĩa quan trọng đối với hợp tác đổi mới trong nông nghiệp đó là để nhằm nâng cao năng lực của các doanh nghiệp nhỏ và nông dân tham gia vào mô hình PPP.

Khuyến nghị của OECD về quản lý công đối với PPP chỉ ra rằng giá trị đồng tiền là một nguyên tắc cơ bản cho việc áp dụng cách tiếp cận PPP để tài trợ cho các dịch vụ công. Phần khuyến nghị đầu tiên liên quan đến khuôn khổ thể chế, bao gồm các nhiệm vụ phải rõ ràng và có thể dự đoán trước, các nguồn lực và quy định cụ thể, cũng như sự tham khảo ý kiến với tất cả các bên liên quan. Phần thứ hai liên quan đến lý do (giá trị đồng tiền) và thủ tục (cạnh tranh) để lựa chọn các dự án PPP, trong khi phần thứ ba là đảm bảo các thủ tục ngân sách minh bạch.

Những nguyên tắc này đều thích hợp với PPP cho đổi mới, nhưng đòi hỏi một số thích nghi để phản ánh những nét đặc trưng riêng của hoạt động đổi mới. Đặc biệt, mục đích của các dự án PPP cho sự đổi mới có thể rộng hơn so với việc làm thế nào để đạt được sự đáng giá đồng tiền: việc tìm kiếm các giải pháp sáng tạo cho các vấn đề phức tạp có thể đòi hỏi sự tổng hợp các kỹ năng khác nhau của các khu vực công và tư. Bên cạnh đó, những lợi ích của sự đổi mới có thể mất một thời gian dài để thành hiện thực. Hơn nữa, sự hợp tác vì đổi mới còn có một phạm vi rộng các bên liên quan, và sự khác biệt về vị thế và hoạt động giữa tư nhân và công cộng có thể bị lu mờ: các viện nghiên cứu và trường đại học tư nhân có thể thực hiện các nghiên cứu mang khía cạnh hàng hóa công. Một khác biệt nữa là có nhiều tài sản công cộng trong hoạt động đổi mới là tài sản trí tuệ, như của cải trí tuệ, cơ sở dữ liệu, nguồn nhân lực, phần mềm với các đặc thù riêng. PPP cho đổi mới vì thế yêu cầu các quy tắc tài chính và điều hành khác nhau để chia sẻ và phát triển các tài sản trí tuệ đó. Cuối cùng khía cạnh quốc tế của PPP cho đổi mới đang ngày càng tăng. Những khác biệt đó tạo nên một mức độ phức tạp cao trong việc quản trị PPP (OECD, 2013).

Trong khi xác định các bài học thực hành tốt, OECD (2004) chỉ ra các yếu tố dưới đây có ý nghĩa quan trọng cho việc thực hiện thành công mô hình PPP cho đổi mới:
• Cam kết dài hạn của cả hai phía chính phủ và ngành công nghiệp, dựa trên viễn cảnh chung.
• Đạt được khối lượng tới hạn các nguồn lực và hòa nhập vào Hệ thống đổi mới quốc gia, ở các cấp quốc gia, khu vực và địa phương.
• Xây dựng dựa trên các mạng lưới hiện tại nhưng không bỏ qua các lĩnh vực nơi có các tác nhân tiềm năng nhưng phân tán (ví dụ nghiên cứu đa ngành) và/hoặc thiếu kinh nghiệm trong việc tiếp cận hỗ trợ của chính phủ.
• Triển khai thực hiện các cơ chế hướng dẫn hiệu quả để đảm bảo sự cân bằng bền vững giữa các lợi ích công và tư.

Qua xem xét kinh nghiệm ở năm quốc gia OECD, việc lựa chọn một chủ đề thích hợp để hợp tác được cho là một thách thức lớn trong việc thiết kế và quản lý PPP. Bốn cơ chế điều hành là chìa khóa để đối phó với thách thức này đã được xác định gồm: 1) lựa chọn dự án và người tham gia trên cơ sở cạnh tranh; 2) cung cấp tài chính tối ưu; 3) tổ chức và quản lý hiệu quả; và 4) đánh giá nghiêm khắc. 

Kinh nghiệm thực hành tốt của OECD trong việc lựa chọn các dự án PPP cho đổi mới

(1) Lựa chọn các dự án và người tham gia
• Một quy trình đánh giá nghiêm ngặt với các đề xuất cạnh tranh dựa trên chất lượng nội dung khoa học, sự thích ứng công nghiệp và tính đúng đắn của kế hoạch kinh doanh. Có hai phương án lựa chọn:
- Cách tiếp cận thuần túy từ dưới lên để lựa chọn các lĩnh vực công nghệ. Có một nhược điểm phát sinh, đó là nếu mỗi một trung tâm được lựa chọn có thể giải quyết một thất bại thị trường đã được xác định trong một lĩnh vực nghiên cứu quan trọng, theo quan điểm của cả khu vực công và tư nhân, nhưng điều đó không thể đảm bảo rằng, họ có thể giải quyết tốt được tất cả các lĩnh vực có tầm quan trọng chiến lược cao nhất đối với quốc gia.
- Cách tiếp cận hỗn hợp trong đó tiêu chí từ trên xuống được sử dụng để xác định trước một số lĩnh vực có thể thúc đẩy PPP. Việc lựa chọn các lĩnh vực nghiên cứu gần với thị trường (close-to-market) dẫn đến nguy cơ bị thâu tóm bởi lợi ích tư nhân hoặc khả năng thất bại trong "chọn người chiến thắng". Việc lôi kéo sự tham gia của ngành công nghiệp vào các nghiên cứu hợp tác mang khía cạnh hàng hóa công (ví dụ như trong các lĩnh vực y tế, môi trường, an ninh) đòi hỏi các nỗ lực để đảm bảo mang lại lợi ích tư nhân, ví dụ thông qua các công ty phái sinh (spin-offs) hay các hình thức thương mại hóa các kết quả nghiên cứu khác.
- Mỗi cách tiếp cận đều có cả ưu điểm và hạn chế, phụ thuộc nhiều vào điều kiện cụ thể của mỗi quốc gia.
• Mở cửa quốc tế. Việc thực hiện các dự án PPP cần được mở cửa không chỉ đối với các công ty nước ngoài, mà cả các trường đại học nước ngoài và các phòng thí nghiệm công khi các tổ chức này có năng lực bổ sung quan trọng.
• Sự tham gia của các công ty nhỏ. SME là những tác nhân quan trọng trong một số lĩnh vực nghiên cứu (ví dụ công nghệ sinh học, truyền thông đa phương tiện,...). Trong các lĩnh vực khác, sự tham gia của họ nên được tạo điều kiện nhưng không được ảnh hưởng đến của hiệu quả tổng thể của PPP (Ví dụ như congxocxium các SME, các trung tâm phổ biến riêng biệt), cân nhắc tính không đồng nhất của quần thể các SME và sự đa dạng liên quan đến các phương thức chính sách hỗ trợ.
• Thỏa thuận trước về quyền sở hữu trí tuệ (SHTT). Chính phủ không nên áp đặt nhiều hơn ngoài các nguyên tắc chung. Các điều khoản hợp đồng chi tiết nên dành cho các đối tác. Nhưng một hợp đồng rõ ràng giữa các bên sẽ là đối tác nên được thực hiện, bởi đó sẽ là điều kiện cần thiết để được hỗ trợ chính phủ.

(2) Cung cấp tài chính tối ưu
Về lý thuyết, một cơ chế tài chính được thiết kế tối ưu sẽ giúp: 1) đảm bảo lựa chọn hiệu quả các đối tác tư nhân; 2) đảm bảo thực hiện R&D với số lượng và chất lượng mong muốn với chi phí ít nhất cho chính phủ; 3) tránh được hành vi cơ hội bởi các đối tác chính phủ hoặc tư nhân, đặc biệt là nguy cơ thu hút các dự án hạng hai và các nhóm nghiên cứu không đủ năng lực hoặc nguy cơ chương trình nghiên cứu bị lôi cuốn theo hướng hoặc là nghiên cứu cơ bản thuần túy hoặc nghiên cứu của công ty nước ngoài. 

Các kinh nghiệm thực hành tốt sau đây đã được xác định:
• Tác dụng đòn bẩy. Các thỏa thuận chia sẻ chi phí phải đảm bảo tác dụng đòn bẩy tương hỗ cao. Đây là chìa khóa trong việc đảm bảo cam kết được duy trì liên tục từ cả hai phía đối tác nhà nước và tư nhân.
• Cam kết dài hạn. Hỗ trợ từ chính phủ phải được đảm bảo trong một thời gian đủ dài (ví dụ ít nhất 4-5 năm, cho đến 7 năm)
• Mức trần trợ cấp chính phủ không được vượt quá 50%, và nên quy định mức đóng góp tối thiểu của ngành công nghiệp (ví dụ ít nhất 20%). Sự đóng góp của các tổ chức nghiên cứu công thường chủ yếu bằng hiện vật; đóng góp tiền mặt tăng có thể cải thiện được sự quản trị tổng thể PPP.
• Linh hoạt. Các thỏa thuận có thể khác nhau từ lúc bắt đầu tùy theo lĩnh vực công nghệ, và phát triển theo thời gian khi PPP trưởng thành. Sự linh hoạt trong thỏa thuận tài chính là cần thiết để đạt được sự tương hợp và nhiệm vụ cụ thể của các loại hình PPP khác nhau yêu cầu như sau:
- Khi một dự án PPP nhằm mục đích huy động năng lực của khu vực tư nhân để cải thiện R&D định hướng nhiệm vụ của chính phủ, thì nó cần được hỗ trợ lâu dài.
- Cũng có thể áp dụng như vậy đối với mô hình PPP cho nghiên cứu tiền cạnh tranh, nhưng với tỷ lệ hỗ trợ thấp hơn.
- Khi một dự án PPP nhằm mục đích chủ yếu vào việc cải thiện tác dụng đòn bẩy của hỗ trợ công cho R&D doanh nghiệp, tỷ lệ trợ cấp thậm chí còn thấp hơn, với một điều khoản chấm dứt hiệu lực (sunset clause).
- Đối với loại PPP với mục tiêu chủ yếu là để mở ra các hướng lan tỏa thương mại mới từ nghiên cứu công, có thể áp dụng các thỏa thuận tài chính khác nhau cho các giai đoạn khác nhau (ví dụ như giai đoạn khởi động, giai đoạn trưởng thành, giai đoạn thương mại hóa), với một nỗ lực thu hút đầu tư mạo hiểm càng sớm càng tốt .

(3) Tổ chức và quản lý hiệu quả
Trong năm nước được xem xét (Áo, Úc, Pháp, Hà Lan và Tây Ban Nha), các chính phủ chỉ áp đặt các yêu cầu tối thiểu đối về việc tổ chức PPP. Trong khi một số thực hiện dưới hình thức các viện trung ương, số khác là các mạng ảo, với một tổ chức tinh gọn ở cốt lõi và nghiên cứu được thực hiện tại các viện nghiên cứu tham gia. Nếu các dự án PPP được xây dựng trên mạng lưới đã có từ trước, thì các bên tham gia thường chọn cách tổ chức như các viện nghiên cứu ảo. 

Mỗi mô hình tổ chức có những lợi thế và bất lợi, và các thực hành tốt sau đây đã được xác định:
• Tùy theo yêu cầu. Các sắp xếp tổ chức khác nhau (ví dụ mạng lưới hay viện nghiên cứu hợp tác, hoặc hình thức hỗn hợp) có thể được bảo đảm, tùy thuộc vào lĩnh vực công nghệ và sự ưu tiên của đối tác.
• Tự chủ và sự tham gia mạnh mẽ của ngành công nghiệp. Nên dành cho các đối tác một mức độ tự chủ lớn trong việc xác định danh mục các dự án nghiên cứu chi tiết của từng PPP. Ngành công nghiệp nên được dành đa số phiếu trong ban quản trị.
• Tính hợp pháp và sự lãnh đạo. PPP nên bao gồm tất cả các doanh nghiệp hàng đầu và các trung tâm nghiên cứu công trong các lĩnh vực công nghệ liên quan, và các nhà quản lý chúng nên là những người nổi tiếng, có uy tín, có kinh nghiệm và quan hệ rộng với cả hai phía nghiên cứu và ngành công nghiệp.
• Quản lý tri thức hiệu quả có ý nghĩa cực kỳ quan trọng để giảm thiểu nguy cơ hành vi cơ hội và làm động cơ thúc đẩy các đối tác.
• Sự tham gia của người dùng đầu cuối. Điều quan trọng là các dự án PPP cần được tổ chức sao cho có thể tối đa hóa được sự tương tác không chỉ giữa các nhà nghiên cứu tham gia trực tiếp vào một dự án mà cả giữa họ với những người dùng đầu cuối các kết quả nghiên cứu trong các công ty tham gia.
• Tính minh bạch. Hình thức tổ chức của PPP sẽ giúp chúng có thể nổi bật ở cả cấp quốc gia và quốc tế. Điều này giúp chúng có vị trí trong các mạng lưới quốc tế, và tạo ra được "áp lực đồng cấp" (peer pressure) liên tục để cải tiến từ các hình thức quan hệ công tư "cạnh tranh".

(4) Đánh giá
Đánh giá các chương trình hợp tác công-tư không phải là một nhiệm vụ dễ làm, đặc biệt là bởi vì các chi phí và lợi ích của quan hệ hợp tác vốn khó có thể đo lường được. Lợi ích có thể gián tiếp nhiều hơn trực tiếp, và sự tồn tại của nhiều bên liên quan có thể dẫn đến xung đột về khía cạnh mục tiêu đánh giá. Một khó khăn khác đó là thời gian đạt được tác động theo dự kiến thường rất dài. 

Các thực hành tốt sau đây đã được xác định:
• Các đánh giá trước, tạm thời và sau đều cần thiết.
• Việc đánh giá khả năng bổ sung hành vi là cần thiết bởi vì một trong những mục tiêu của PPP là thúc đẩy những thay đổi lâu dài về quan điểm của các cộng đồng nghiên cứu công và tư.
• Sự tham gia của các chuyên gia khoa học, công nghệ và kinh doanh nước ngoài thường được yêu cầu, nếu quỹ tri thức chuyên môn quốc gia còn hạn chế, có khả năng nảy sinh xung đột lợi ích, và tính chất toàn cầu của các thị trường sử dụng đầu cuối của các kết quả nghiên cứu.
• Đánh giá cần được thực hiện hệ thống. Từng dự án PPP và cả danh mục đầu tư của các dự án PPP đều cần được đánh giá. Cần xem xét sự tương tác với các công cụ chính sách khác.
• Đánh giá cần được liên kết chặt chẽ với tất cả các quá trình ra quyết định và học hỏi. Đánh giá không chỉ để thông báo cho các nhà hoạch định chính sách về các tác động kinh tế từ việc sử dụng các nguồn ngân sách, mà còn gây cảm hứng cho các nhà quản lý PPP.

Những mô hình thực hành tốt trên đặc biệt phù hợp với các dự án lớn và đầy tham vọng về Khoa học và Công nghệ, nhưng cũng có thể áp dụng một cách linh hoạt cho một phạm vi rộng các loại dự án PPP cho sự đổi mới trong lĩnh vực thực phẩm và nông nghiệp. Đặc biệt, một số yêu cầu như cam kết lâu dài và cởi mở quốc tế có thể không cần thiết đối với PPP có mục đích ứng dụng và hạn hẹp, như trong lĩnh vực nông nghiệp. 

Ngành công nghiệp cũng đang phát triển các khuyến nghị đối với PPP trong lĩnh vực đổi mới thực phẩm và nông nghiệp, liên quan đến tất cả các tác nhân hữu quan. Trong số đó, việc cần thiết phải đảm bảo sự phối hợp dọc theo chuỗi thức ăn nổi bật lên như một nét đặc trưng riêng của ngành nông nghiệp và thực phẩm.